海洋底栖生物的身影无处不在，采集它们的方式也各不相同。

　　在泥滩和沙滩，科研人员会用铁铲直接采集沉积物。以沙滩为例，首先将沙子铲进水桶中，随后加入海水进行搅拌。由于沙里面有许多底栖生物，加入海水搅拌后，这些生物就会悬浮起来。随后科研人员会将上层水样混合物倒入孔径为0.5mm的网筛中，完成大型底栖生物的采集。

　　而到了海洋中，底栖生物的采集任务就由铁铲转移到采泥器身上。

　　厦门大学“嘉庚”号科考船装有箱式采泥器，其面积为0.25㎡。科研人员出海时，每到一个科考站位，就可以将采泥器下放至海底，利用采泥器采集海底沉积物。除箱式采泥器外，还有一种抓斗采泥器也可以在底栖生物采集中派上用场。

　　科研人员将采集到的沉积物样品转移至水桶中，同样加入海水旋搅后倒入0. 5mm孔径的网筛中进行过滤，将分离出来的生物装瓶，从而得到底栖生物样品。当沉积物较多时，研究人员会借助涡旋器辅助完成样品分离。

　　除了利用采泥器进行定量采样，拖网也是海洋底栖生物采集中常用方法，主要用于底栖生物定性采样。拖网会被放至海底，以低航速随船拖曳，采集更多运动能力较强的底栖生物。

　　通过上述方式，可采集到多种多样的海洋底栖生物样品。科研人员将样品转移至实验室后，在显微镜下进行物种鉴定、计数和称重，获取各种底栖生物的丰度、生物量数据。